ENSEMBL - Revision history

Leandra at 10:50, 22 June 2007

2007-06-22T10:50:09Z

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-	ENSEMBL is a system created by EMBL/EBI and Sanger Institute for the automatic annotation of ~~eucariotic~~ genomes. It provides a powerful web interface for searching and browsing the information stored ~~into~~ databases. The current version of ENSEMBL collects data from 35 different ~~eucariotic~~ genomes, including 30 chordates and 21 mammals; ~~notwithstanding~~ both the number of organisms and the quality of annotations are continuously growing.	+	ENSEMBL is a system created by EMBL/EBI and Sanger Institute for the automatic annotation of eukariotic genomes. It provides a powerful web interface for searching and browsing the information stored in the databases. The current version of ENSEMBL collects data from 35 different eukariotic genomes, including 30 chordates and 21 mammals; both the number of organisms and the quality of annotations are continuously growing.

-	The CEINGE Bioinformatics group has always ensured a local installation of ENSEMBL, considered as a useful resource for the research community. Considering the complexity of the system and the frequency of updates, we developed a procedure for ~~the~~ automatic update of the local installation of ENSEMBL. It consists of a series of programs which on a daily basis check the current version of ENSEMBL and, if needed, perform the update by downloading new data sets, by creating data banks and by switching to the updated version of ENSEMBL.	+	The CEINGE Bioinformatics group has always ensured a local installation of ENSEMBL, considered as a useful resource for the research community. Considering the complexity of the system and the frequency of updates, we developed a procedure for automatic update of the local installation of ENSEMBL. It consists of a series of programs which on a daily basis check the current version of ENSEMBL and, if needed, perform the update by downloading new data sets, by creating data banks and by switching to the updated version of ENSEMBL. Manual refinement allows to solve the inevitable small (or big) problems deriving from changes of formats and other causes

	The current ENSEMBL version is 45, of june 2007.		The current ENSEMBL version is 45, of june 2007.

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-	ENSEMBL è un sistema realizzato da EMBL/EBI e Sanger Institute per l’annotazione automatica di genomi di organismi eucarioti. Esso fornisce una potente interfaccia per la ricerca di informazioni e per la ‘navigazione’ dei dati. Al momento ENSEMBL presenta dati per 35 diversi genomi eucarioti, di cui 30 sono cordati e, tra questi, 21 sono mammiferi; cionondimeno il numero di organismi, così come la qualità delle annotazioni, sono costantemente in crescita.
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-	Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato, e’ stata appositamente sviluppata una procedura per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Essa consiste in una serie di programmi che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.
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-	La versione attuale di ENSEMBL e' la 45, risalente a giugno 2007.

	{{footer\|footername=footer bioinfo}}		{{footer\|footername=footer bioinfo}}

Giovanni at 06:47, 22 June 2007

2007-06-22T06:47:51Z

←Older revision		Revision as of 06:47, 22 June 2007
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	La versione attuale di ENSEMBL e' la 45, risalente a giugno 2007.		La versione attuale di ENSEMBL e' la 45, risalente a giugno 2007.

-	{{footer bioinfo}}	+	{{footer\|footername=footer bioinfo}}

Giovanni at 15:50, 20 June 2007

2007-06-20T15:50:46Z

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	La versione attuale di ENSEMBL e' la 45, risalente a giugno 2007.		La versione attuale di ENSEMBL e' la 45, risalente a giugno 2007.
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		+	{{footer bioinfo}}

Angelo at 17:24, 19 June 2007

2007-06-19T17:24:32Z

←Older revision		Revision as of 17:24, 19 June 2007
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-	ENSEMBL is a system created by EMBL/EBI and Sanger Institute for the automatic annotation of eucariotic genomes. It provides a powerful web interface for searching and browsing the information stored into databases. The current version of ENSEMBL ~~collect~~ data from 35 different eucariotic genomes, including 30 chordates and 21 mammals; notwithstanding both the number of organisms and the quality of annotations are continuously growing.	+	ENSEMBL is a system created by EMBL/EBI and Sanger Institute for the automatic annotation of eucariotic genomes. It provides a powerful web interface for searching and browsing the information stored into databases. The current version of ENSEMBL collects data from 35 different eucariotic genomes, including 30 chordates and 21 mammals; notwithstanding both the number of organisms and the quality of annotations are continuously growing.
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		+	The CEINGE Bioinformatics group has always ensured a local installation of ENSEMBL, considered as a useful resource for the research community. Considering the complexity of the system and the frequency of updates, we developed a procedure for the automatic update of the local installation of ENSEMBL. It consists of a series of programs which on a daily basis check the current version of ENSEMBL and, if needed, perform the update by downloading new data sets, by creating data banks and by switching to the updated version of ENSEMBL.

	The current ENSEMBL version is 45, of june 2007.		The current ENSEMBL version is 45, of june 2007.
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	Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato, e’ stata appositamente sviluppata una procedura per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Essa consiste in una serie di programmi che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.		Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato, e’ stata appositamente sviluppata una procedura per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Essa consiste in una serie di programmi che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.
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		+	La versione attuale di ENSEMBL e' la 45, risalente a giugno 2007.

Angelo at 16:42, 19 June 2007

2007-06-19T16:42:53Z

←Older revision		Revision as of 16:42, 19 June 2007
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		+	ENSEMBL is a system created by EMBL/EBI and Sanger Institute for the automatic annotation of eucariotic genomes. It provides a powerful web interface for searching and browsing the information stored into databases. The current version of ENSEMBL collect data from 35 different eucariotic genomes, including 30 chordates and 21 mammals; notwithstanding both the number of organisms and the quality of annotations are continuously growing.

-	~~Last~~ version~~: Ensembl v41 - Dec 2005~~	+	The current ENSEMBL version is 45, of june 2007.

-	Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)


		+	ENSEMBL è un sistema realizzato da EMBL/EBI e Sanger Institute per l’annotazione automatica di genomi di organismi eucarioti. Esso fornisce una potente interfaccia per la ricerca di informazioni e per la ‘navigazione’ dei dati. Al momento ENSEMBL presenta dati per 35 diversi genomi eucarioti, di cui 30 sono cordati e, tra questi, 21 sono mammiferi; cionondimeno il numero di organismi, così come la qualità delle annotazioni, sono costantemente in crescita.

-	ENSEMBL è un sistema realizzato da EMBL/EBI e Sanger Institute per l’annotazione automatica di genomi di organismi eucarioti. Esso fornisce una potente interfaccia per la ricerca di informazioni e per la ‘navigazione’ dei dati. Al momento ENSEMBL presenta dati per 35 diversi genomi eucarioti, di cui 30 sono cordati e, tra questi, 21 sono mammiferi; cionondimeno, il numero di organismi, così come la qualità delle annotazioni, sono costantemente in crescita.	+	Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato, e’ stata appositamente sviluppata una procedura per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Essa consiste in una serie di programmi che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.
-	Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato,	+
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-	~~D’altra parte, il sistema è particolarmente complesso ed è frequentemente aggiornato e, per tale motivo, richiede~~ una ~~presenta umana quasi costante. Per aggirare questo problema, e’ stato sviluppato un sistema~~ per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. ~~Esso~~ consiste in una serie di programmi ~~PHP~~ che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.	+
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-	~~Last version: Ensembl v41 - Dec 2005~~	+
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-	~~Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)~~	+

Angelo at 16:11, 19 June 2007

2007-06-19T16:11:38Z

←Older revision		Revision as of 16:11, 19 June 2007
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-	~~ENSEMBL is a joint project between EMBL - EBI and the Sanger Institute to develop a software system which produces and maintains automatic annotation on selected eukaryotic genomes.~~	+
-	~~The Ensembl project aims to provide~~:	+	Last version: Ensembl v41 - Dec 2005
-	~~accurate, automatic analysis~~ of ~~genome~~ data	+
-	~~analysis and annotation maintained on the current data~~	+	Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)
-	~~aresentation of the analysis to all via the Web~~	+
-	~~distribution of the analysis to other bioinformatics laboratories~~	+
-	~~Ensembl will concentrate on vertebrate genomes, but other groups have adapted the system for use with plant and fungal genomes~~.	+
-	~~Currently~~, ~~the following genomes are available (some in a pre- state):~~	+	ENSEMBL è un sistema realizzato da EMBL/EBI e Sanger Institute per l’annotazione automatica di genomi di organismi eucarioti. Esso fornisce una potente interfaccia per la ricerca di informazioni e per la ‘navigazione’ dei dati. Al momento ENSEMBL presenta dati per 35 diversi genomi eucarioti, di cui 30 sono cordati e, tra questi, 21 sono mammiferi; cionondimeno, il numero di organismi, così come la qualità delle annotazioni, sono costantemente in crescita.
-	~~Homo sapiens~~, ~~Pan troglodytes~~, ~~Macaca mulatta~~, ~~Mus musculus~~, ~~Rattus norvegicus~~, ~~Canis familiaris~~, ~~Bos taurus~~, ~~Loxodonta africana~~, ~~Echinops telfairi~~, ~~Dasypus novemcinctus~~, ~~Monodelphis domestica~~, ~~Gallus gallus~~, ~~Xenopus tropicalis~~, ~~Danio rerio~~, ~~Takifugu rubripes~~, ~~Tetraodon nigroviridis, Ciona intestinalis, Ciona savignyi~~.	+	Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato,
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		+	D’altra parte, il sistema è particolarmente complesso ed è frequentemente aggiornato e, per tale motivo, richiede una presenta umana quasi costante. Per aggirare questo problema, e’ stato sviluppato un sistema per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Esso consiste in una serie di programmi PHP che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.
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	Last version: Ensembl v41 - Dec 2005		Last version: Ensembl v41 - Dec 2005

	Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)		Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)

Angelo at 15:39, 5 June 2007

2007-06-05T15:39:33Z

←Older revision		Revision as of 15:39, 5 June 2007
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	Homo sapiens, Pan troglodytes, Macaca mulatta, Mus musculus, Rattus norvegicus, Canis familiaris, Bos taurus, Loxodonta africana, Echinops telfairi, Dasypus novemcinctus, Monodelphis domestica, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio, Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Ciona intestinalis, Ciona savignyi.		Homo sapiens, Pan troglodytes, Macaca mulatta, Mus musculus, Rattus norvegicus, Canis familiaris, Bos taurus, Loxodonta africana, Echinops telfairi, Dasypus novemcinctus, Monodelphis domestica, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio, Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Ciona intestinalis, Ciona savignyi.

-	Last version: Ensembl ~~v36~~ - Dec 2005	+	Last version: Ensembl v41 - Dec 2005

	Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)		Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)

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2007-06-01T17:17:56Z

New page: ENSEMBL is a joint project between EMBL - EBI and the Sanger Institute to develop a software system which produces and maintains automatic annotation on selected eukaryotic genomes. The En...

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ENSEMBL is a joint project between EMBL - EBI and the Sanger Institute to develop a software system which produces and maintains automatic annotation on selected eukaryotic genomes.
The Ensembl project aims to provide:
accurate, automatic analysis of genome data
analysis and annotation maintained on the current data
aresentation of the analysis to all via the Web
distribution of the analysis to other bioinformatics laboratories
Ensembl will concentrate on vertebrate genomes, but other groups have adapted the system for use with plant and fungal genomes.
Currently, the following genomes are available (some in a pre- state):
Homo sapiens, Pan troglodytes, Macaca mulatta, Mus musculus, Rattus norvegicus, Canis familiaris, Bos taurus, Loxodonta africana, Echinops telfairi, Dasypus novemcinctus, Monodelphis domestica, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio, Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Ciona intestinalis, Ciona savignyi.

Last version: Ensembl v36 - Dec 2005

Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)