SEQSERVICE - Revision history

Gianluca at 16:29, 26 July 2007

Gianluca — Thu, 26 Jul 2007 16:29:05 GMT

←Older revision		Revision as of 16:29, 26 July 2007
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Leandra at 09:17, 22 June 2007

Leandra — Fri, 22 Jun 2007 09:17:21 GMT

←Older revision		Revision as of 09:17, 22 June 2007
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-	La produzione su larga scala di sequenze nucleotidiche è ampiamente utilizzata in biologia, genetica e medicina, ad esempio, per il sequenziamento di regioni genomiche o per la diagnosi di mutazioni o per la rapida identificazione di geni isolati in progetti come studio di espressione o di interazioni proteiche. In queste applicazioni è utile disporre di un sistema in grado di garantire oltre la catalogazione e gestione delle sequenze prodotte, l’analisi dei risultati ottenuti mediante moderne tecniche di bioinformatica.
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-	A tale scopo è stata realizzata una banca dati in grado di assistere il ricercatore nelle varie fasi del processo, dalla richiesta di sequenziamento, alla loro elaborazione, fino al recupero dei risultati e alla loro analisi. Il sistema è direttamente collegato al servizio di sequenziamento del CEINGE e, difatti, costituisce anche un’interfaccia tra ricercatori e operatori del servizio.
-	Le sequenze, assegnate a uno specifico progetto, possono essere seguite durante tutte le fasi e catalogate all’interno del database. A ciascun campione sono associate informazioni come la sequenza del primer, la tipologia del templato e le dimensioni dell’amplificato. Il sistema include avanzate funzioni di analisi, che possono essere automaticamente applicate a set più o meno ampi di sequenze: 1) filtraggio di sequenze ripetute e/o di vettori di clonaggio; 2) identificazione delle sequenze attraverso la ricerca di omologie in diverse banche dati; 3) assemblaggio delle sequenze in ‘contig’ attraverso l’uso del pacchetto PHRED/PHRAP/CONSED. La possibilità di analisi più dettagliate viene garantita attraverso un collegamento diretto con l’ambiente di analisi di [[CAPRI]], il nostro sistema per la modifica e l’analisi di sequenze nucleiche e proteiche.
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Giovanni at 06:50, 22 June 2007

Giovanni — Fri, 22 Jun 2007 06:50:49 GMT

←Older revision		Revision as of 06:50, 22 June 2007
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Angelo at 15:51, 20 June 2007

Angelo — Wed, 20 Jun 2007 15:51:20 GMT

←Older revision		Revision as of 15:51, 20 June 2007
Line 4:		Line 4:
	The sequences, assigned to a specific project, can be controlled at any stage of their processing and collected in the database. Each sample includes additional information such as primer sequence, template type and hypothetical amplimer size. The system includes advanced analysis routines which can be used for sets of sequences of variable size: 1) filtering of repeated regions and/or vector sequences; 2) sequence identification by searching homologies in different datasets; 3) ‘contigs’ assembly by using the PHRED/PHRAP/CONSED package. More sophisticated analysis are provided by the integrated support for [[CAPRI]], our solution for editing and analyzing nucleic and protein sequences.		The sequences, assigned to a specific project, can be controlled at any stage of their processing and collected in the database. Each sample includes additional information such as primer sequence, template type and hypothetical amplimer size. The system includes advanced analysis routines which can be used for sets of sequences of variable size: 1) filtering of repeated regions and/or vector sequences; 2) sequence identification by searching homologies in different datasets; 3) ‘contigs’ assembly by using the PHRED/PHRAP/CONSED package. More sophisticated analysis are provided by the integrated support for [[CAPRI]], our solution for editing and analyzing nucleic and protein sequences.

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Angelo at 15:44, 20 June 2007

Angelo — Wed, 20 Jun 2007 15:44:04 GMT

←Older revision		Revision as of 15:44, 20 June 2007
Line 1:		Line 1:
	The production of large amount of nucleotide sequences is used in biology, genetics and medicine, for example, in order to sequence genomic regions, or to identify novel mutations, or to identify genes selected in gene expression and protein interaction studies. In such applications the availability of a system able not only to collect and manage the sequences, but also to analyze the results with modern bioinformatic techniques, may be very useful.		The production of large amount of nucleotide sequences is used in biology, genetics and medicine, for example, in order to sequence genomic regions, or to identify novel mutations, or to identify genes selected in gene expression and protein interaction studies. In such applications the availability of a system able not only to collect and manage the sequences, but also to analyze the results with modern bioinformatic techniques, may be very useful.
	For this reason we realized a web-based sequences database able to help the researcher in all phases of the sequencing process, from sample submission, to sample processing, to results retrieving and analysis. This system works around the CEINGE sequencing service and, in fact, it also represents an interface between researchers and service operators.		For this reason we realized a web-based sequences database able to help the researcher in all phases of the sequencing process, from sample submission, to sample processing, to results retrieving and analysis. This system works around the CEINGE sequencing service and, in fact, it also represents an interface between researchers and service operators.
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	The sequences, assigned to a specific project, can be controlled at any stage of their processing and collected in the database. Each sample includes additional information such as primer sequence, template type and hypothetical amplimer size. The system includes advanced analysis routines which can be used for sets of sequences of variable size: 1) filtering of repeated regions and/or vector sequences; 2) sequence identification by searching homologies in different datasets; 3) ‘contigs’ assembly by using the PHRED/PHRAP/CONSED package. More sophisticated analysis are provided by the integrated support for [[CAPRI]], our solution for editing and analyzing nucleic and protein sequences.		The sequences, assigned to a specific project, can be controlled at any stage of their processing and collected in the database. Each sample includes additional information such as primer sequence, template type and hypothetical amplimer size. The system includes advanced analysis routines which can be used for sets of sequences of variable size: 1) filtering of repeated regions and/or vector sequences; 2) sequence identification by searching homologies in different datasets; 3) ‘contigs’ assembly by using the PHRED/PHRAP/CONSED package. More sophisticated analysis are provided by the integrated support for [[CAPRI]], our solution for editing and analyzing nucleic and protein sequences.

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	La produzione su larga scala di sequenze nucleotidiche è ampiamente utilizzata in biologia, genetica e medicina, ad esempio, per il sequenziamento di regioni genomiche o per la diagnosi di mutazioni o per la rapida identificazione di geni isolati in progetti come studio di espressione o di interazioni proteiche. In queste applicazioni è utile disporre di un sistema in grado di garantire oltre la catalogazione e gestione delle sequenze prodotte, l’analisi dei risultati ottenuti mediante moderne tecniche di bioinformatica.		La produzione su larga scala di sequenze nucleotidiche è ampiamente utilizzata in biologia, genetica e medicina, ad esempio, per il sequenziamento di regioni genomiche o per la diagnosi di mutazioni o per la rapida identificazione di geni isolati in progetti come studio di espressione o di interazioni proteiche. In queste applicazioni è utile disporre di un sistema in grado di garantire oltre la catalogazione e gestione delle sequenze prodotte, l’analisi dei risultati ottenuti mediante moderne tecniche di bioinformatica.
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	A tale scopo è stata realizzata una banca dati in grado di assistere il ricercatore nelle varie fasi del processo, dalla richiesta di sequenziamento, alla loro elaborazione, fino al recupero dei risultati e alla loro analisi. Il sistema è direttamente collegato al servizio di sequenziamento del CEINGE e, difatti, costituisce anche un’interfaccia tra ricercatori e operatori del servizio.		A tale scopo è stata realizzata una banca dati in grado di assistere il ricercatore nelle varie fasi del processo, dalla richiesta di sequenziamento, alla loro elaborazione, fino al recupero dei risultati e alla loro analisi. Il sistema è direttamente collegato al servizio di sequenziamento del CEINGE e, difatti, costituisce anche un’interfaccia tra ricercatori e operatori del servizio.
	Le sequenze, assegnate a uno specifico progetto, possono essere seguite durante tutte le fasi e catalogate all’interno del database. A ciascun campione sono associate informazioni come la sequenza del primer, la tipologia del templato e le dimensioni dell’amplificato. Il sistema include avanzate funzioni di analisi, che possono essere automaticamente applicate a set più o meno ampi di sequenze: 1) filtraggio di sequenze ripetute e/o di vettori di clonaggio; 2) identificazione delle sequenze attraverso la ricerca di omologie in diverse banche dati; 3) assemblaggio delle sequenze in ‘contig’ attraverso l’uso del pacchetto PHRED/PHRAP/CONSED. La possibilità di analisi più dettagliate viene garantita attraverso un collegamento diretto con l’ambiente di analisi di [[CAPRI]], il nostro sistema per la modifica e l’analisi di sequenze nucleiche e proteiche.		Le sequenze, assegnate a uno specifico progetto, possono essere seguite durante tutte le fasi e catalogate all’interno del database. A ciascun campione sono associate informazioni come la sequenza del primer, la tipologia del templato e le dimensioni dell’amplificato. Il sistema include avanzate funzioni di analisi, che possono essere automaticamente applicate a set più o meno ampi di sequenze: 1) filtraggio di sequenze ripetute e/o di vettori di clonaggio; 2) identificazione delle sequenze attraverso la ricerca di omologie in diverse banche dati; 3) assemblaggio delle sequenze in ‘contig’ attraverso l’uso del pacchetto PHRED/PHRAP/CONSED. La possibilità di analisi più dettagliate viene garantita attraverso un collegamento diretto con l’ambiente di analisi di [[CAPRI]], il nostro sistema per la modifica e l’analisi di sequenze nucleiche e proteiche.
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	Per accedere al sistema, al momento consentito ai soli utenti registrati, per piacere clicca [http://sequences.ceinge.unina.it qui]		Per accedere al sistema, al momento consentito ai soli utenti registrati, per piacere clicca [http://sequences.ceinge.unina.it qui]

Angelo at 15:42, 20 June 2007

Angelo — Wed, 20 Jun 2007 15:42:59 GMT

←Older revision		Revision as of 15:42, 20 June 2007
Line 1:		Line 1:
-	The sequences ~~database has been developed by CEINGE bioinformatics group~~ and ~~offers integrated support for CAPRI~~, ~~our web interface~~ for ~~useful tools devoted~~ to ~~editing and analysis of nucleic~~ and protein ~~sequences~~.	+	The production of large amount of nucleotide sequences is used in biology, genetics and medicine, for example, in order to sequence genomic regions, or to identify novel mutations, or to identify genes selected in gene expression and protein interaction studies. In such applications the availability of a system able not only to collect and manage the sequences, but also to analyze the results with modern bioinformatic techniques, may be very useful.
-	~~The CEINGE DNA Sequencing Core provides investigators access to high-quality automated DNA Sequencing technology. Sequences are performed by~~ the ~~ET-terminators kit (Amersham Biosciences)~~ and ~~run on~~ the ~~MegaBACE 500 (Amersham Biosciences) capillary sequencer~~.	+	For this reason we realized a web-based sequences database able to help the researcher in all phases of the sequencing process, from sample submission, to sample processing, to results retrieving and analysis. This system works around the CEINGE sequencing service and, in fact, it also represents an interface between researchers and service operators.
-	~~Turnaround time is very short; results are usually available within 48~~-~~72 hours of sample submission. All~~ phases of the sequencing process, from sample submission, to sample processing, to results retrieving ~~are highly automated~~ and ~~work~~ around ~~a web-based~~ sequences database.	+	The sequences, assigned to a specific project, can be controlled at any stage of their processing and collected in the database. Each sample includes additional information such as primer sequence, template type and hypothetical amplimer size. The system includes advanced analysis routines which can be used for sets of sequences of variable size: 1) filtering of repeated regions and/or vector sequences; 2) sequence identification by searching homologies in different datasets; 3) ‘contigs’ assembly by using the PHRED/PHRAP/CONSED package. More sophisticated analysis are provided by the integrated support for [[CAPRI]], our solution for editing and analyzing nucleic and protein sequences.
-	To access to ~~CEINGE bioinformatic services it is necessary~~ to ~~have an account~~.	+
		+	To access to the system, currently limited to registered users, please click [http://seqservice.ceinge.unina.it here].
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		+	La produzione su larga scala di sequenze nucleotidiche è ampiamente utilizzata in biologia, genetica e medicina, ad esempio, per il sequenziamento di regioni genomiche o per la diagnosi di mutazioni o per la rapida identificazione di geni isolati in progetti come studio di espressione o di interazioni proteiche. In queste applicazioni è utile disporre di un sistema in grado di garantire oltre la catalogazione e gestione delle sequenze prodotte, l’analisi dei risultati ottenuti mediante moderne tecniche di bioinformatica.
		+	A tale scopo è stata realizzata una banca dati in grado di assistere il ricercatore nelle varie fasi del processo, dalla richiesta di sequenziamento, alla loro elaborazione, fino al recupero dei risultati e alla loro analisi. Il sistema è direttamente collegato al servizio di sequenziamento del CEINGE e, difatti, costituisce anche un’interfaccia tra ricercatori e operatori del servizio.
		+	Le sequenze, assegnate a uno specifico progetto, possono essere seguite durante tutte le fasi e catalogate all’interno del database. A ciascun campione sono associate informazioni come la sequenza del primer, la tipologia del templato e le dimensioni dell’amplificato. Il sistema include avanzate funzioni di analisi, che possono essere automaticamente applicate a set più o meno ampi di sequenze: 1) filtraggio di sequenze ripetute e/o di vettori di clonaggio; 2) identificazione delle sequenze attraverso la ricerca di omologie in diverse banche dati; 3) assemblaggio delle sequenze in ‘contig’ attraverso l’uso del pacchetto PHRED/PHRAP/CONSED. La possibilità di analisi più dettagliate viene garantita attraverso un collegamento diretto con l’ambiente di analisi di [[CAPRI]], il nostro sistema per la modifica e l’analisi di sequenze nucleiche e proteiche.
		+	Per accedere al sistema, al momento consentito ai soli utenti registrati, per piacere clicca [http://sequences.ceinge.unina.it qui]

Angelo: New page: The sequences database has been developed by CEINGE bioinformatics group and offers integrated support for CAPRI, our web interface for useful tools devoted to editing and analysis of nucl...

Angelo — Fri, 08 Jun 2007 16:10:13 GMT

New page: The sequences database has been developed by CEINGE bioinformatics group and offers integrated support for CAPRI, our web interface for useful tools devoted to editing and analysis of nucl...

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The sequences database has been developed by CEINGE bioinformatics group and offers integrated support for CAPRI, our web interface for useful tools devoted to editing and analysis of nucleic and protein sequences.
The CEINGE DNA Sequencing Core provides investigators access to high-quality automated DNA Sequencing technology. Sequences are performed by the ET-terminators kit (Amersham Biosciences) and run on the MegaBACE 500 (Amersham Biosciences) capillary sequencer.
Turnaround time is very short; results are usually available within 48-72 hours of sample submission. All phases of the sequencing process, from sample submission, to sample processing, to results retrieving are highly automated and work around a web-based sequences database.
To access to CEINGE bioinformatic services it is necessary to have an account.