SEQSERVICE

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-	La produzione su larga scala di sequenze nucleotidiche è ampiamente utilizzata in biologia, genetica e medicina, ad esempio, per il sequenziamento di regioni genomiche o per la diagnosi di mutazioni o per la rapida identificazione di geni isolati in progetti come studio di espressione o di interazioni proteiche. In queste applicazioni è utile disporre di un sistema in grado di garantire oltre la catalogazione e gestione delle sequenze prodotte, l’analisi dei risultati ottenuti mediante moderne tecniche di bioinformatica.
-	A tale scopo è stata realizzata una banca dati in grado di assistere il ricercatore nelle varie fasi del processo, dalla richiesta di sequenziamento, alla loro elaborazione, fino al recupero dei risultati e alla loro analisi. Il sistema è direttamente collegato al servizio di sequenziamento del CEINGE e, difatti, costituisce anche un’interfaccia tra ricercatori e operatori del servizio.	+	[[seqservice:userinfo|User info]]
-	Le sequenze, assegnate a uno specifico progetto, possono essere seguite durante tutte le fasi e catalogate all’interno del database. A ciascun campione sono associate informazioni come la sequenza del primer, la tipologia del templato e le dimensioni dell’amplificato. Il sistema include avanzate funzioni di analisi, che possono essere automaticamente applicate a set più o meno ampi di sequenze: 1) filtraggio di sequenze ripetute e/o di vettori di clonaggio; 2) identificazione delle sequenze attraverso la ricerca di omologie in diverse banche dati; 3) assemblaggio delle sequenze in ‘contig’ attraverso l’uso del pacchetto PHRED/PHRAP/CONSED. La possibilità di analisi più dettagliate viene garantita attraverso un collegamento diretto con l’ambiente di analisi di [[CAPRI]], il nostro sistema per la modifica e l’analisi di sequenze nucleiche e proteiche.	+
-	Per accedere al sistema, al momento consentito ai soli utenti registrati, per piacere clicca [http://sequences.ceinge.unina.it qui]	+	{{footer|footername=footer facilities}}

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Current revision

The production of large amount of nucleotide sequences is used in biology, genetics and medicine, for example, in order to sequence genomic regions, or to identify novel mutations, or to identify genes selected in gene expression and protein interaction studies. In such applications the availability of a system able not only to collect and manage the sequences, but also to analyze the results with modern bioinformatic techniques, may be very useful. For this reason we realized a web-based sequences database able to help the researcher in all phases of the sequencing process, from sample submission, to sample processing, to results retrieving and analysis. This system works around the CEINGE sequencing service and, in fact, it also represents an interface between researchers and service operators.

The sequences, assigned to a specific project, can be controlled at any stage of their processing and collected in the database. Each sample includes additional information such as primer sequence, template type and hypothetical amplimer size. The system includes advanced analysis routines which can be used for sets of sequences of variable size: 1) filtering of repeated regions and/or vector sequences; 2) sequence identification by searching homologies in different datasets; 3) ‘contigs’ assembly by using the PHRED/PHRAP/CONSED package. More sophisticated analysis are provided by the integrated support for CAPRI, our solution for editing and analyzing nucleic and protein sequences.

To access to the system, currently limited to registered users, please click here.

User info

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Bioinformatics: CEINGE facilities: SEQSERVICE - OLIGOS - CELLBANK