ENSEMBL

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-	ENSEMBL is a joint project between EMBL - EBI and the Sanger Institute to develop a software system which produces and maintains automatic annotation on selected eukaryotic genomes.	+
-	The Ensembl project aims to provide:	+	Last version: Ensembl v41 - Dec 2005
-	accurate, automatic analysis of genome data	+
-	analysis and annotation maintained on the current data	+	Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)
-	aresentation of the analysis to all via the Web	+
-	distribution of the analysis to other bioinformatics laboratories	+
-	Ensembl will concentrate on vertebrate genomes, but other groups have adapted the system for use with plant and fungal genomes.	+
-	Currently, the following genomes are available (some in a pre- state):	+	ENSEMBL è un sistema realizzato da EMBL/EBI e Sanger Institute per l’annotazione automatica di genomi di organismi eucarioti. Esso fornisce una potente interfaccia per la ricerca di informazioni e per la ‘navigazione’ dei dati. Al momento ENSEMBL presenta dati per 35 diversi genomi eucarioti, di cui 30 sono cordati e, tra questi, 21 sono mammiferi; cionondimeno, il numero di organismi, così come la qualità delle annotazioni, sono costantemente in crescita.
-	Homo sapiens, Pan troglodytes, Macaca mulatta, Mus musculus, Rattus norvegicus, Canis familiaris, Bos taurus, Loxodonta africana, Echinops telfairi, Dasypus novemcinctus, Monodelphis domestica, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Danio rerio, Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Ciona intestinalis, Ciona savignyi.	+	Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato,
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		+	D’altra parte, il sistema è particolarmente complesso ed è frequentemente aggiornato e, per tale motivo, richiede una presenta umana quasi costante. Per aggirare questo problema, e’ stato sviluppato un sistema per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Esso consiste in una serie di programmi PHP che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.
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	Last version: Ensembl v41 - Dec 2005		Last version: Ensembl v41 - Dec 2005
	Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)		Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)

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Revision as of 18:11, 19 June 2007

Last version: Ensembl v41 - Dec 2005

Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)

ENSEMBL è un sistema realizzato da EMBL/EBI e Sanger Institute per l’annotazione automatica di genomi di organismi eucarioti. Esso fornisce una potente interfaccia per la ricerca di informazioni e per la ‘navigazione’ dei dati. Al momento ENSEMBL presenta dati per 35 diversi genomi eucarioti, di cui 30 sono cordati e, tra questi, 21 sono mammiferi; cionondimeno, il numero di organismi, così come la qualità delle annotazioni, sono costantemente in crescita. Sin dalle sue prime attività, il gruppo di bioinformatica del CEINGE ha garantito una installazione locale di ENSEMBL, considerandolo una valida risorsa per la comunita’ scientifica. Data la complessita’ del sistema e la frequenza con cui esso viene aggiornato,

D’altra parte, il sistema è particolarmente complesso ed è frequentemente aggiornato e, per tale motivo, richiede una presenta umana quasi costante. Per aggirare questo problema, e’ stato sviluppato un sistema per l’aggiornamento completamente automatico dell’installazione locale di ENSEMBL. Esso consiste in una serie di programmi PHP che quotidianamente controllano la versione corrente di ENSEMBL ed, eventualmente, eseguono l’aggiornamento attraverso il download dei nuovi dati, la creazione delle banche dati e il passaggio alla nuova versione.

Last version: Ensembl v41 - Dec 2005

Version installed at CEINGE: Ensembl v36 - Dec 2005 (about 170 GB of data)